Le rapport publié par le Commissaire aux droits de l'Homme du Conseil de l'Europe met en lumière les mesures discriminatoires dont sont victimes les personnes transgenres ou intersexes dans les pays européens, notamment en ce qui concerne les questions d'état civil. Par exemple, le rapport souligne que de nombreux États réclament des certificats de naissance qui indiquent le genre pour l'édition de documents officiels tels que les cartes d'identité ou les passeports. Le Conseil préconise de créer une catégorie "neutre" dans les formulaires administratifs.

Le document condamne également la réasignation sexuelle qui touche de nombreuses personnes intersexuelles à leur naissance. Le Conseil de l'Europe considère que ces opérations représentent une mutilation qui peut avoir un impact à long terme sur la santé des individus. Le Commissaire aux droits de l'homme insiste sur la nécessité de former le corps médical sur cette question.